同年，投降后金的明将李永芳企图招降毛文龙，毛文龙将此事及招降信件上报朝廷，获得了皇帝的嘉奖，被晋升为左都督。毛文龙继续在边境展开袭扰行动，上报斩首千余级，生擒后金人三百余名。
天启五年（1625年），毛文龙的部下对后金多个地点发动袭击，包括汤池、泥河寨子、柳河子、乔麦冲堡等，双方均有胜负。同年，毛文龙与登莱巡抚武之望因旅顺失守责任问题产生矛盾，相互弹劾，最终武之望被调离。
天启六年（1626年），毛文龙得知努尔哈赤将出兵辽西，随即组织多路军队夜袭海州、沈阳等地，这一行动被认为影响了努尔哈赤在宁远之战中的决策，间接支援了明军的胜利。同年四月，毛文龙再次组织大规模行动，但其中参将王辅的部队在鞍山驿遭遇伏击，损失惨重，这是毛文龙自林畔之败后最大的一次挫败。尽管如此，辽东巡抚袁崇焕仍然肯定了毛文龙的贡献，认为他多年来的牵制作用在此刻最为显着。
五、处境渐危
自毛文龙开镇东江以来，他在明廷的地位一直伴随着争议与挑战。天启三年（1623年），随着质疑声浪的升高，毛文龙的处境变得微妙。宁远之战中，毛文龙未能及时响应，引发了朝中对其作用的质疑，甚至有人提议将他移镇至更靠近内地的地方，如旅顺或盖州。毛文龙为此多次上书辩解，强调东江的战略价值和自己的忠诚，最终在熹宗的支持下暂时度过了这场信任危机。
然而，毛文龙与袁崇焕的矛盾却在这一过程中加深。袁崇焕派遣的使臣赵佑、徐敷奏在与毛文龙的交涉中遭遇不幸，使得两人关系紧张。随着努尔哈赤的去世和皇太极的继位，后金对朝鲜的丁卯之役爆发，毛文龙在战役中与后金周旋，声称自己多次重创敌人，但这些说法在朝鲜和后金的记载中存在差异，可信度受到质疑。
丁卯之役结束后，毛文龙与袁崇焕的对立加剧，毛文龙指责袁崇焕与后金讲和，而袁崇焕则批评毛文龙的战功有水分。毛文龙在上书中表达了对不公平待遇的不满，尤其是与其他将领相比军饷的差距，以及被诬陷的委屈。这一时期，毛文龙与明廷的关系愈发紧张。
崇祯帝登基后，毛文龙面临的形势更为严峻。新任兵部尚书阎鸣泰再次提出移镇盖州的建议，朝中对毛文龙的质疑声浪再起。毛文龙上书辩解，指出盖州的地理劣势，但明廷仍决定对东江兵马进行核实。户部员外郎黄中色的调查结果显示东江兵力远低于毛文龙申报的数字，引发了崇祯帝对毛文龙的进一步不信任。
尽管毛文龙声称自己在前线与后金作战，取得了一系列胜利，但崇祯帝对这些战报的真实性表示怀疑，警告毛文龙需以实际行动证明自己的价值。毛文龙意识到自己的处境岌岌可危，预感到了可能的灾难，他在给妻子的信中流露出内心的绝望和对朝廷内部斗争的痛心。
六、双岛被杀
毛文龙的命运在袁崇焕出任蓟辽督师后走向终结。袁崇焕在与阁臣钱龙锡的密谈中，便透露了除去毛文龙的想法，计划深入其军中，斩其帅，采用古代智者的手法。袁崇焕起初忙于整顿关宁军务，直至年末才确定了“斩帅”的策略，并与朝中多位要员频繁通信，筹划行动。与此同时，崇祯帝也与辅臣及兵部尚书秘密讨论东江事宜，气氛对毛文龙不利。
毛文龙的处境因两次擅自进入登州而雪上加霜，引发地方动荡，遭到山东总兵杨国栋的弹劾。毛文龙虽试图辩解，但崇祯帝仅要求他“竭力图功”，并未完全采信其说辞。袁崇焕的禁海改道令更是激怒了毛文龙，后者上书抗议，担心这将导致东江兵变。袁崇焕派遣徐琏解释禁令，毛文龙同意会面，双方约定在旅顺口的双岛详谈。
崇祯二年（1629年）六月初，袁崇焕与毛文龙在双岛会晤，会谈数日后，袁崇焕突然宣布奉密旨行事，指控毛文龙十二大罪，包括专制、欺君、侵吞军饷、私通外商等，随即下令斩首。毛文龙的死亡震惊了东江部众，袁崇焕安抚军心，安排陈继盛暂管东江事务，将东江军分为四协，稳定局势。
袁崇焕向崇祯帝报告了毛文龙的罪行及处置情况，崇祯帝虽对消息感到惊讶，但出于对袁崇焕的信任，给予了嘉奖。然而，袁崇焕的行动在朝野引起恐慌，因为毛文龙虽有争议，但其对后金的防御作用不可忽视。同年冬天，后金军入塞逼近京师，袁崇焕在入援途中被崇祯帝逮捕，最终以“谋款斩帅”等罪名被处以凌迟，但毛文龙的死并未得到平反。
毛文龙的旧部周文煌及养子毛承禄先后上疏请求恤典和平反，但崇祯帝坚持毛文龙“历年糜饷，牵制无功”的评价，仅允许家属领回遗骨。
结语
毛文龙的故事，如同一首未完的史诗，留给后人无尽的思考。在历史的长河中，每一位英雄都有其独特的光彩与阴影，毛文龙也不例外。他的生平，不仅反映了个人的抱负与局限，更映射出了一个时代的风云变幻。