在这之后，阮惠追击清军至富良江附近。孙士毅意图再次渡江与阮惠决战，但遭到许世亨的劝阻，认为此举有损大清国威。孙士毅最终选择撤军，并上书自我检讨。清廷令他继续驻扎镇南关处理事务。不久，阮惠派遣使者请求归附大清，福康安到达后，与孙士毅一同严厉斥责阮惠的使臣。孙士毅认为黎维祁无力维持统治，建议册封阮惠为安南国王，乾隆帝接受了这一建议。
不久后，孙士毅被召回京师，被任命为兵部尚书，并充任军机大臣，入值南书房。同年冬天，他又被派往四川代行总督职务。然而，一年后，他被免去了总督之职。不久，因两江总督书麟因高邮书吏伪造印章非法收税而被治罪，清廷任命孙士毅接替他，并指示他严肃处理此事。孙士毅在江南地区认真履职，继续为朝廷服务。
四、远征后藏
乾隆五十六年（1791年），孙士毅因在平定台湾林爽文起义和处理安南事务中的杰出表现，被清廷授予吏部尚书、协办大学士的高位。这一年，廓尔喀（今尼泊尔）入侵西藏，威胁到了清廷在西南边疆的稳定。面对这一紧急情况，清廷迅速作出了反应，任命孙士毅暂时代理四川总督一职，负责监督大军的军饷供给。
孙士毅深知此次任务的重要性，他从打箭炉出发，一路向西，驻扎在察木多。在那里，他不仅需要确保军需物资的供应，还要密切关注前方战局的变化。随着清军进入后藏地区，孙士毅亲自前往前藏，亲自监督军饷的运输情况，确保前线将士能够得到充足的后勤支持。由于他在这一过程中表现出色，清廷再次对他进行了表彰，赏赐双眼花翎，以示嘉奖。
次年，即乾隆五十七年（1792年），在孙士毅等人的共同努力下，廓尔喀的入侵被成功平定。为了表彰孙士毅在此战役中的贡献，清廷将他的画像再次悬挂于紫光阁，作为对他的荣誉象征。此外，他还被任命为文渊阁大学士，并兼任礼部尚书。与此同时，孙士毅与福康安、和琳共同驻扎在前藏地区，商讨战后的各项善后事宜，以确保西藏地区的长期稳定。
在此期间，福康安率领金川土司觐见乾隆帝，孙士毅被再次任命为四川总督，继续负责相关事务。不久之后，福康安调任云贵总督，由和琳接替其职务。乾隆帝命令孙士毅留在四川，处理与廓尔喀战役相关的军需奏销事宜。孙士毅意识到福康安和和琳在前线的重要性，上奏请求允许二人继续留任，但乾隆帝并未批准此请求。
五、剿乱病死
乾隆六十年（1795年），湖南地区爆发了苗族起义，叛乱势力甚至渗透到了四川秀山境内。面对这一紧急情况，孙士毅被委以重任，率军前往当地平叛。他迅速组织兵力，驻守关键地点，有效地遏制了叛军的进一步扩散。孙士毅不仅亲自指挥作战，还采取了一系列措施，加强了地方的治安管控，稳固了局势。
嘉庆元年（1796年），湖北的白莲教起义愈演愈烈，并蔓延至四川的酉阳地区。孙士毅再次临危受命，迅速调整战略部署，将部队转移至来凤地区，积极展开对白莲教叛军的清剿行动。在他的指挥下，清军取得了多次胜利，孙士毅也因此功勋被封为三等男。
在一次战斗中，白莲教叛军退守至茶园溪，连续的暴雨使得叛军放松了警惕。孙士毅敏锐地察觉到这一时机，决定发起夜袭。他精心策划，挑选精锐部队，在深夜时分对叛军营地发起了突袭。清军手持短兵器，勇敢地与叛军展开近身搏斗。千总张超更是身先士卒，手持长矛冲锋在前，一举突破了叛军的防线，斩杀了叛军首领，并追击四十余里，彻底击溃了叛军主力。
尽管取得了这场战斗的胜利，但孙士毅并未放松警惕。他深知叛军可能会再次集结力量，便率军继续追击，直至叛军退至旗鼓寨。孙士毅指挥部队紧随其后，对叛军残部进行围剿。在这一系列战斗中，孙士毅展现出了卓越的军事才能和坚定的决心。
然而，长期的征战与劳累对孙士毅的身体造成了巨大的负担。在嘉庆元年（1796年）六月，孙士毅因病逝世于军中，享年七十七岁。他的去世对清廷来说是一个巨大的损失。孙士毅一生致力于维护国家的统一和社会的安定，尤其是在平叛过程中所展现出的英勇与智慧，赢得了朝廷和百姓的高度赞扬。
清廷为了表彰孙士毅的功绩，追赠他为公爵，并赐予他“文靖”的谥号，以纪念他为国家所做的贡献。
结语
孙士毅不仅在政坛上留下了浓墨重彩的一笔，在文学领域也有着不小的成就。他一生着有《百一山房集》，其中包含了大量的诗歌和赋作，这些作品往往深刻地反映了当时社会的现状以及普通百姓的生活状况。